バージョンが3.2になって修正した部分が減りました。
デフォルトの状態から修正したMT関係のファイルをメモしておきます。
[MT PATH]\lib\MT\App\CMS.pm //画像のfloat設定
[MT PATH]\tmpl\cms\upload_complete.tmpl //画像のfloat設定
[MT PATH]\search_templates\default.tmpl //検索画面
[MT PATH]\mt-static\mt.js //リンクを”_target”にする